囊肿的鉴别诊断囊肿形态大多为圆形突出，皮肤表面为半圆形，一般多位于真皮以及皮下组织。应有囊壁包裹故边缘光滑整齐，与周围组织粘连少。故接触之光滑有弹性以及囊性感。其表面皮肤多无炎症而呈正常皮色一般发展有局限性，不会无限扩大，造成局部压迫症状。首先位于真皮内样囊肿多发生于40到50岁女性皮损好发于远端，指关节背侧面多单发大小约为3到105厘米，呈半透明光滑柔软，为皮肤色囊肿腔液，其中散在有形状纤维母细胞。粟丘疹多见于女性，任何年龄原发性质。原因不明继发性者多发生于大巴性表皮松解症。还有就是毛根鞘囊肿。

多发性脂囊瘤可发生于各种年龄男女均可见皮损好发于前胸中下部以及阴囊可单发或者是多发。表皮囊肿较常见于青年儿童老年少见，直径在0.5到5厘米之间，正常匹萨圆形有弹性，制略硬。囊壁为正常皮肤囊腔内充满角质可单发或者是多发常发生于头皮面部，仅以及躯干。位于皮下组织的囊肿，有皮样囊肿，生后即有多单发皮损常见位于眼周面部，腹部中线体表各处均有发生直径不超过2厘米，囊壁由复层鳞状上皮组成，大于表皮囊肿不同其囊腔内还有各种表皮附属器，如毛发函毛发的毛囊。

突入腔内巧克力囊肿，又将卵巢子宫内膜异位症也就是说，子宫内膜跑到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液日积月累变成了巧克力样的颜色，呼叫巧克力囊肿。