淋巴细胞性垂体炎的鉴别主要包括安全的肿瘤和非肿瘤性的垂体病变。首先予以垂体腺瘤小健撇，垂体腺瘤是鞍区最常见的占位性病变，一般多见于成年人。巨大的瘤可以压迫视交叉，引起视力、视野的改变，根据临床的症状和激素分泌过多的证据，一般比较容易与功能性垂体腺瘤、淋巴细胞性垂体炎相鉴别，再者可以与生殖细胞瘤相鉴别，这些疾病多表现为垂体柄的增粗。生殖细胞瘤主要见于儿童、青少年，他的主要症状与淋巴细胞性垂体炎也是相似的，但是尿崩症往往更多见，一般不伴有垂体前叶激素的缺乏，或者是仅仅部分性的缺乏。垂体前叶功能受累最常见的是生长激素，其次是黄体生成素、卵泡促激素，可以合并高泌乳素血症，但泌乳素大多数都不是很高，小于10摩尔每毫升，常常伴有颅神经的受累，再者可以垂体脓肿小健撇，垂体脓肿带来创伤是非常罕见的，主要是临近组织感染、血行播散或者是直接扩展，也可以是海绵窦栓塞的并发症。继发性垂体脓肿大多是手术或者是放射治疗，最常见的症状包括长期的头疼、视觉异常、脑膜炎的体征、发热或者是血常规中白细胞增多等情况，再者可以以去鞍区结核性肉芽肿相鉴别，虽然结核在发展中国家是比较常见的，但结核性垂体炎还是非常罕见的，头疼是最早出现，也是最常见的症状，而且大部分伴有视觉的异常，临床上有垂体前叶功能低下和高泌乳素血症的表现。结节病是一种慢性多系统的疾病，多见于青年和中年人，已受累的器官形成免疫性的幼芽肿，最常见的受累部位是肺、皮肤和淋巴结。结节病很少累及分泌系统，但是下丘脑和垂体常常会受累。部分患者糖皮质激素治疗后，MRI可以明显的改善，但是垂体功能的异常是不可逆的。Wegener's肉芽肿是一种以坏死性肉芽肿性小血管炎为特征的全身性疾病，它的发病可能与抗中性粒细胞浆抗体有关，女性多见，受累的部位常常是耳朵、鼻子、咽喉、肺、肾关节、皮肤、眼，但是垂体受累是非常罕见的，还有与其他的原发性垂体炎相鉴别，主要包括肉芽肿垂体炎和黄瘤性垂体炎，虽然非常少见，但是临床和影像学表现都是与淋巴细胞性垂体炎相似的，一般只能通过组织学的检查来鉴别，因此也有人认为这些疾病是相同疾病的不同表现，而且治疗也是非常相似的。