宝宝头部两侧凹陷常见的原因有遗传因素、病理因素、钙元素的缺乏等。

首先，遗传因素是指父母双方头部有两侧凹陷的症状，在宝宝出生后发生头部两侧凹陷的几率比较大，为正常的生理现象。

其次，病理因素是指颅脑疾病、骨骼没有发育完全所致。需要及时去医院进行CT检查，并密切观察宝宝有无其他不适症状，例如腹泻、腹痛、恶心、呕吐等。

最后，宝宝由于体内钙物质严重缺乏，会影响骨骼的生长发育，要及时进行微量元素检查，根据钙缺乏的严重程度进行补充。给予钙剂和维生素D，并每日进行阳光照射，促进钙的吸收。