脑核磁和脑CT成像的原理不同。

CT是根据人体不同的组织对X线的吸收和透过率不同成像的，核磁共振主要是靠水分子震动显示出亮度不同，通过磁场的作用成像。头部CT检查是有一定辐射的，脑核磁共振检查没有辐射。

头部CT检查对出血性的疾病诊断价值比较高，脑梗塞在发病的24小时之内通常不显影，核磁共振检查在脑梗塞的早期就可以发现缺血和梗塞的病灶。核磁共振对颅窝病变和脑干的病变检查结果也比CT更加清晰。如果怀疑是出血性的脑血管疾病，可以进行头部CT检查，缺血性的可以做核磁共振。