由于睾丸活检是一种有创伤性的操作，有可能导致免疫性不育，因此应严格掌握睾丸活检的适应症。

第一，最适合于对无精子症患者中，睾丸输出管道梗阻与部分性唯支持细胞综合症的鉴别。因为这两者都伴有正常的促卵泡生成素，睾酮，促黄体生成素和泌乳素，睾丸大小正常。相反，其它原因的无精子症患者，伴有异常的血清生殖激素水平，常常是小睾丸。

第二，睾丸体积正常，血清内分泌激素在正常水平，但有精液参数异常的不育患者，进行睾丸活检，以明确是否有输精管梗阻或者是缺乳。

第三，睾丸体积中度萎缩，并经半年治疗精子数量未能提高的少精子症。

第四，欲行附睾，睾丸取精的卵泡浆，内精子注射技术手术的术前准备。

第五，怀疑睾丸肿瘤者。