临床表现与细菌性尿路感染完全相同，女性患者多表现为阴道炎、白带增多、外阴瘙痒、阴道口瘙痒，可有下尿路症状，以尿频、尿急、尿痛以及排尿后，尿道烧热等尿路刺激症状为主。

男性患者多伴有龟头炎，下尿路感染，多在晨尿时排出少量脓性分泌物，尿道痒，膀胱受累，及耻骨上有不适感，常有终末血尿，排尿后可有少量乳白色分泌物流出。滴虫性肾盂肾炎时多伴有畏寒、发热、腹痛、脓尿及血尿等，部分病人可无全身症状及尿路刺激症状，易感染部位及感染途径不同，临床症状并无特异性，类似普通细菌性尿路感染。