囊尾蚴病是吃药治疗的，同时也需要对症治疗，在一些特殊部位的囊尾蚴病的感染，也可以进行手术治疗。

目前应用抗囊尾蚴的药物主要包括吡喹酮和阿苯达唑。阿苯达唑药效缓和，疗程略长，不良反应较小。吡喹酮较阿苯达唑疗效强而迅速，疗程短，但是不良反应发生率高而且严重。

对症治疗包括颅内高压的患者，要给予甘露醇降低颅压，必要时需要颅脑开窗减压或脑室分流术来降低颅压。发生过敏性休克时，要用肾上腺素皮下注射。对于癫痫发作严重的，可以酌情使用地西泮等镇静。对于脑囊尾蚴病尤其是单个病灶，可以进行手术摘除治疗。