肛裂会形成肛瘘。肛裂形成的肛瘘比较浅，为皮下瘘，不会形成深部肛瘘。

慢性肛裂肛管皮肤可见梭形溃疡面，深达皮下组织或肌层，边缘肥厚不规则，溃疡面呈灰白色，有时合并有感染时会有脓性分泌物。溃疡面的肛缘处往往有增生皮赘，也就是哨兵痔，由于炎症刺激，此处会形成皮下肛瘘，挤压有脓液溢出。肛门指诊可触及肥大肛乳头和皮下肛瘘，肛瘘外口有脓性分泌物。

慢性肛裂一般需要手术治疗，手术时一起将肛瘘切除。