滴虫性阴道炎有时会复发，但是大多数复发的病例都是发生了重复感染。

有研究表明，滴虫性阴道炎患者再感染率非常高，对患有滴虫性阴道炎的性活跃期的女性，在最初感染三个月后要重新进行筛查。对于使用甲硝唑口服治疗失败的滴虫性阴道炎患者，要增加甲硝唑治疗的疗程和剂量。

为了避免发生重复感染，尽量避免在治疗期同房，同时，要性伴侣同时治疗。患者使用过的内裤及洗涤用的毛巾和浴盆，都应该进行至少5到10分钟的煮沸，有条件的可以在太阳下暴晒。