呼吸内科主要与肺部疾病有关联，例如肺部一些感染性疾病如呼吸道感染、急性气管支气管炎、普通感冒、流行性感冒、社区获得性肺炎、医院获得性肺炎以及病毒性肺炎、肺真菌病、肺结核、肺脓肿、肺部寄生虫病、肺炎旁胸腔积液、肺孢子菌肺炎。

气流阻塞性疾病有慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、阿司匹林性哮喘、支气管肺曲霉病、支气管扩张肺部肿瘤如肺泡、细胞癌等。

肺循环疾病包括肺血栓栓塞症、肺源性心脏病、特发性肺动脉高压、间质性性肺病、胸腔积液。