慢性结肠炎能否自愈应该根据病情而定，时间较短且病情单一发作频率少的患者一般来说这种病是可以自愈的。但是很多病人因为感染因素触发肠道炎症，而相应的病程大于两个月以上，考虑炎症性肠病。炎症性肠病的病因不清楚，有环境、免疫因素，还有致炎因子所触发的。可以表现为一次吃坏东西之后，出现肠道的腹痛、腹泻、便血症状，一直吃药也没有好转，这种病人考虑自愈的可能性较低。如果因为致炎因子触发免疫应答的异常，引起炎症性肠病、非特异性肠道炎症，主要是免疫系统异常，病人的症状还有治疗可能是漫长的过程。