要想判断是生理性的囊肿还是病理性的囊肿，一般绝大多数可以根据具体情况。如果是怀孕引发的妊娠生理性囊肿，一般在怀孕之前检测没有囊肿，怀孕后出现囊肿增大，这种情况一般是考虑生理性的。

绝大多数妊娠结束后或者是做了人工流产手术后，这个囊肿逐渐消失，这种情况就是生理性的囊肿。病理性的囊肿是在任何环境下它不会有消失情况，这种情况还会随着时间的增长有变化，所以生理性的和病理性的可以通过这种情况区分。

再有女性一般在不孕症的患者，促排的过程中，会形成生理性的黄素囊肿，这种情况也是随着月经的到来，囊肿逐渐消失，这种情况也是生理性的囊肿。