葡萄球菌肺炎治疗重点在于早期选择敏感的抗生素抗炎治疗。当然此时一般治疗也尤为重要，患者多可以伴有畏寒、发热、咳嗽、咳痰等现象，可给予物理降温或退热药物的处理，协助患者拍背、体位引流，协助其排痰等，要注意营养支持和补液等处理。

此时多需要针对葡萄球菌的药敏试验选择敏感抗感染药物，例如对于非耐药的金黄色葡萄球菌，可以选择二代头孢菌素类或联合氨基糖苷类、氟喹诺酮类消炎药物治疗。但对于甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌引起的肺炎，此时多数选择万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺、替加环素等抗感染治疗，但要注意此些药物的不良反应和疗效。此类肺炎要防治相关并发症，例如当有脓气胸形成时要早期选择胸腔闭式引流。

另外，葡萄球菌肺炎的抗菌疗程一定要足，使其得以彻底的治愈。