三个月大宝宝半夜发烧可以通过物理降温、口服药物等方法改善。

1.物理降温。如果三个月大的宝宝在半夜出现发烧的情况，体温在38.5℃以下，同时身体没有出现不适的症状，这种情况可以采取物理降温，使用温开水给宝宝擦拭身体，有利于缓解发烧的症状。身体反复发烧时，需要把周围环境的温度降下来，不要盖过厚的被子，或者适当减少衣物，帮助热量散发，有利于体温下降。

3.口服药物。如果宝宝的体温超过了38.5℃，这种情况就需要遵医嘱口服退烧药进行治疗，比如对乙酰氨基酚。如果症状不能缓解或者反复发烧，建议及时就医。