子宫内膜异位症和腺肌症不是一个病，两者虽然都有继发性进行性加重的痛经，但还是有很多不同的地方。例如前者是子宫内膜可以异位至身体的各个部位，卵巢、子宫骶韧带是最常见的侵及部位。而后者只是子宫内膜，侵及至子宫肌层。

前者的症状另外还有性生活不适、不孕、卵巢巧克力囊肿等，而后者另外还会出现月经量增多、不孕不育等症状。

两者的治疗均需根据具体情况，选择是给予药物治疗或是具体的手术治疗。其中手术方式有很多，需个体化制定。两者都有术后复发的可能，因此大部分的患者术后都需给予药物调理降低复发率。