真菌性结肠炎主要有白色念珠菌感染引起的，白色念珠菌是肠道正常菌群之一，如果长期使用广谱抗生素，或肾上腺皮质激素，真菌可大量繁殖引起结肠炎。

念珠菌肠炎好发于儿童，主要表现为腹泻，大便每天10~20次，为水样或豆腐渣样，泡沫比较多，为黄绿色，可有腹胀，低热，甚至呕吐等症状。

曲菌性肠炎好发于有基础疾病的体力劳动者，多为烟曲菌所致，表现为腹痛和血便，可引起消化道大出血，腹泻常不典型。

毛霉菌肠炎为摄入被真菌孢子污染的食物所引起，多见于营养不良的儿童或有胃肠道慢性疾病的病人。表现为血管栓塞后引起粘膜溃疡甚至穿孔的表现，出现腹痛，腹泻，呕血和黑便，甚至肠穿孔导致腹膜炎，也可以侵入胃肠血管，导致血行播散，病情发展快，病死率高。