治疗龟头炎的药物很多，例如细菌引起的龟头炎，可以应用头孢氨苄、头孢克肟治疗。同时涂抹红霉素软膏，改善龟头炎引起的龟头红肿症状。

如果是病毒引起的龟头炎，一般需要涂抹莫匹罗星软膏，改善龟头炎导致的龟头瘙痒、疼痛症状。同时口服抗病毒的药物，例如阿昔洛韦或者更昔洛韦治疗。

另外，神经性龟头炎一般与龟头神经受损有关，所以应当应用B族维生素类药物，例如维生素B1或者维生素B12营养龟头神经。治疗龟头炎前建议到医院完善龟头分泌物检查和尿培养检查，明确具体致病菌。