怀孕三个月的时候最好不要发生同房行为。因为怀孕三个月还属于孕初期，此时胚胎着床通常并不是十分稳定，与宫腔等的粘连也不成熟，所以非常容易受到外界环境变化的影响。

如果这个时候与伴侣发生同房行为，同房过程中性高潮的刺激有可能会造成孕妇出现明显宫缩，影响胚胎的正常着床，甚至还有可能会导致发生性行为后出现下体异常出血或腹痛等症状。

所以，如果想要发生孕期性行为，最好选择在孕中期，才能保证胎儿的健康。