新生儿肾静脉血栓的形成主要与血液粘稠、肾脏血流动的血量减少、严重脱水导致血流缓慢，继发和原发性血小板偏高等原因有关。

血液粘稠和脱水会使得肾血流量下降、肾脏氧供减少，容易继发肾脏水肿，对肾脏血管压迫、流动性下降，最终导致肾小静脉血栓形成。此外，红细胞增多和严重感染导致的血液循环障碍，也易导致肾脏血栓的形成。

还有就是血栓脱落，经血流到达肾脏血管引起栓塞，和肾脏血管发生脉管炎，阻塞肾动脉，肾脏血管损伤导致局部形成血栓等原因有关。