暗色丝孢霉病临床分为皮下组织暗色丝孢霉病、鼻旁窦暗色丝孢霉病和系统性暗色丝孢霉病。

1.皮下组织暗色丝孢霉病：皮肤损害常为孤立、深在皮下或肌肉的脓肿，无明显炎症。脓肿常不溃破，有时表现为皮下囊肿，局部淋巴结可肿大。

2.系统性暗色丝孢霉病：以肺、骨、心内膜及脑最好发，肝、脾、肾、腹膜、关节等也可累及。斑氏枝孢霉具有亲神经性，能引起脑膜暗色丝孢霉病，症状包括头痛、恶心、呕吐、神志不清、共济失调等。

3.鼻窦感染暗色丝孢霉病：临床表现为鼻阻塞或面部疼痛，有时突眼。