毛霉菌病发病的直接原因，就是毛霉菌的感染。而毛霉菌属于多种真菌组合而形成，所以针对于这个疾病的治疗，首选的治疗药物应该是抗真菌药物。

这一类药物对于这种疾病的治疗效果是有限，一旦患者得到确诊，应该及早的进行治疗。其越早治疗效果就会越好，而相反的拖延了治疗，效果就很差。

常用的药物有两性霉素b、碘化钾、氟康唑等等。如果患者全身性的症状比较重，最好将这些药物进行静脉点滴使用。要连续用药1~3个月的时间，并且剂量要足够。