导致甲状腺功能出现异常的原因很多，其中包括自身免疫因素、遗传因素、精神应激，还有细菌、病毒感染等多种因素。比如甲亢，其中常见的因素是自身免疫因素，机体内会出现一些相关的抗体，而这些抗体会刺激甲状腺去合成和分泌过多的甲状腺激素，从而引起甲亢。还有碘的摄入过多、细菌感染，比如椰尔森肠杆菌以及精神应激等都可以导致甲亢的发生。

对于甲减最常见的因素也是自身免疫因素，甲减的自身免疫因素是因为机体内出现了一些异常的抗体，而这些抗体会破坏掉甲状腺细胞导致甲减。

甲状腺激素合成和分泌减少，同时病毒感染可以破坏掉甲状腺细胞。比如在亚甲炎时病毒破坏了甲状腺细胞之后，在早期甲状腺激素从甲状腺的滤泡里面漏出来，从而导致甲亢。随着病情的发展，甲状腺激素被大量的消耗，从而又会出现甲减，最后会慢慢的自愈。