肛门瘙痒有小疙瘩，还是到肛肠科或者是皮肤科进行就诊。在诊断明确以后，一般是通过药物治疗，或者是通过手术切除的方法进行治疗。

小疙瘩导致的肛门的瘙痒，排除是不是有尖锐湿疣的情况。尖锐湿疣属于性传播疾病，一般是需要通过烧灼或者是冷冻的方式祛除，然后合理使用抗病毒的药物，提高自身的免疫能力，避免尖锐湿疣出现复发的情况。

如果肛门瘙痒有小疙瘩，是由于湿疹的因素，主要还是以药物的对症治疗为主，可以使用炉甘石洗剂进行局部的涂擦。同时，配合除湿止痒软膏等药物进行症状上改善，必要时可以使用抗组胺类的药物，或者是抗过敏的药物，缓解肛门瘙痒的症状，在平时尽量保持肛门局部的干爽透气。