脖子里隐隐作痛的原因有以下几点：

1.从事伏案工作者的人平时低头的时间比较长，或者睡觉时使用的枕头高度不合适，都会使颈部的肌肉受到较强的牵拉，很容易导致颈部肌肉劳损诱发无菌性炎症。炎性分泌物会对颈部的组织产生刺激，出现隐隐作痛的症状。

2.患有甲状腺疾病引起的症状。比如甲状腺炎急性发作期、甲状腺结节或者囊肿，对颈部神经或者组织产生压迫，脖子都会有隐隐作痛的感觉。

3.还可能是患有呼吸系统疾病所致。比如支气管炎、肺炎等，会伴有剧烈咳嗽，脖子会由于受到震击而有隐痛的感觉。