复方玄驹胶囊的副作用主要有对胃肠道的刺激和伤阴助火，所以最好饭后服用以减轻对胃肠道的刺激，且阴虚火旺的患者最好不要服用，以免损伤阴气。

复方玄驹胶囊的主药是黑蚂蚁，并辅以淫羊藿、枸杞子、蛇床子等，可以用于肾阳虚的性功能障碍、前列腺炎以及风湿病的治疗。

主要用于改善肾阳虚患者的神疲乏力、精神不振、腰膝酸软、少腹阴器发凉、精冷滑泻、肢冷尿频、性欲低下，以及类风湿关节炎引起的关节疼痛、肿胀等症状，一般服用四周为一个疗程。