巨细胞病毒病一般治疗的疗程为2到3周。但是对于免疫缺陷的病人，比如艾滋病、系统性红斑狼疮，治疗的疗程可能会更长一些。

一般的成人和儿童感染人巨细胞病毒，常因免疫力较强，病情为自限性的，而且预后相对良好。治疗上主要是以更昔洛韦为首选的药物，也常选用膦甲酸钠、缬更昔洛韦、阿昔洛韦等抗疱疹病毒的药物来进行治疗。

而对于危重症病人，也可以用人巨细胞病毒特异性免疫球蛋白以减轻损害，同时可以用一些胸腺肽等免疫增强剂，增强机体的免疫状态，更好的治疗病毒。