非毒性的结节性甲状腺肿的病因，最常见的就是碘缺乏。因为碘是合成甲状腺激素的原料，如果缺碘的话，可以引起tsh分泌增多、刺激甲状腺的代偿性的肿大。如果持续发展，可以形成结节性甲状腺肿，再有像甲状腺激素的需求量增加，也可以刺激甲状腺的进一步肿大。还有使用了一些引起甲状腺肿的物质，比如食物的话，可以有卷心菜、黄豆、白菜、萝卜族、含钙过多的食物，或者是含氟过多的饮水等。其他还有药物也可以引起甲状腺肿，像硫脲类的药物以及含氟的有机物，可能也容易引起甲状腺肿大。

引起甲状腺肿大的病理主要是tsh及其它致甲状腺增生的因子，对甲状腺滤泡上皮细胞生长的促进作用，上皮和滤泡增生最终使甲状腺逐渐肿大。

早期甲状腺肿呈均匀而弥漫性的腺细胞肥大和增生。当病灶持续存在或者反复恶化及缓解时，甲状腺因为不规则的增生或再生，逐渐的发展成结节。