湄公血吸虫病后遗症主要有肝纤维化后遗症，或者是肠道后遗症。

肝纤维化后遗症有可能会出现在晚期血吸虫病的人群身上，占据的几率在16.5%左右。临床也会出现大量的吐血，还有黑色粪便等情况，甚至还可能造成失血性休克。

此外，也可能会出现肠道后遗症，这可能是因为疾病没有得到有效控制而造成急性阑尾炎。所以很容易会导致阑尾炎发作，最终也容易出现局限性的肿胀，还可能会出现不完全性的肠梗阻等，这些都是比较常见的。