新冠病毒核酸检测是否有疼痛感是根据采取方式而定，如果是采取咽喉部分泌物的方式，这种检查不疼；如果是采取抽血检查方式进行核酸检测时，这种检查是对皮肤有直接刺激，是在抽取静脉血的过程中会有轻微的疼痛感，当然这种疼痛也是可以在人的忍受范围之内，不用过于担心。

如果新冠病毒核酸检测是留取被检测者时，在留取鼻咽拭子的时，虽然没有疼痛感，但是有可能出现恶心、呕吐等不适感，也是需要提醒。

综上所述，是否会有疼痛感应该根据检查方法决定，确诊是否感染新型冠状病毒感染的证据是进行新型冠状病毒核酸的检测。