40天宝宝耳朵流黄水，做以下治疗：

1.如果是耳道湿疹导致的这种情况，建议应用干净的棉签将黄水引流出来。建议避开带有毛料或者带毛的一些衣物，有条件抽血查过敏原，看宝宝对什么东西过敏，避开过敏原，能够减少耳道湿疹继续发展加重。一般这种情况大多数孩子是能够逐渐好转的，个别孩子严重的时候也可以耳道局部涂抹抗过敏软膏治疗。

2.如果是急性中耳炎导致的，这种情况需要上耳鼻喉科门诊。首先由医生用吸引器在耳道口适当地清理，将分泌物尽可能清理干净，然后在医生指导之下应用双氧水进行耳浴治疗。个别严重的孩子需要进行全身抗炎治疗，由于40天小孩特殊体质，应用相关药物必须在新生儿科医生指导之下进行应用。