胎儿头大常和先天性遗传因素有关，比如某些先天性的遗传综合征，除伴有胎儿巨头畸形之外，还常伴有其他器官畸形。

还有胎儿神经系统出现问题，如脑膨出、脑积水等，也会使胎儿的头部有明显增大表现。还有病毒感染原因，引起胎儿脑室腔出现积液，而这种原因也可导致胎儿头围增大。

另外，还有一些先天性因素，比如父母本身体格较大，所以胎儿头部也会相对较大。另外，孕妇摄入营养过剩而导致胎儿生长快速，形成巨大儿，所以胎儿整体较大，而头部也会相应增大。