肾动脉血栓栓塞确诊后，应尽快开始血运重建治疗。文献报道，肾缺血时间小于12小时，80%的病例的肾功能可以恢复；而在12-18小时，仅57%病例的肾功能可以恢复。如果肾脏缺血大于18小时，则几无恢复可能。

血运重建治疗的措施主要包括外科手术和血管介入。外科手术是通过外科手术的方法切除血栓。而血管介入包括肾动脉介入切除血栓及肾动脉腔给药溶栓。由于肾动脉血栓栓塞较少见，至今没有不同疗法疗效对比观察的临床实验，所以如何选择治疗方法目前尚无明确的推荐意见，需要具病情而决定。

除上述切除血栓及溶栓治疗外，还应该配合抗血小板治疗以及抗凝治疗。而如果患者出现急性肾衰竭并达到透析指征时，就应积极进行透析治疗，透析治疗主要包括血液透析或腹膜透析。