肾静脉血栓的临床症状主要表现为腰肋痛或腹痛，有时较剧烈，可伴有恶心、呕吐以及肋脊角的叩痛、尿化验异常，可以见到镜下以及肉眼血尿，常可出现蛋白尿或使原有蛋白尿加重。而肾小球功能的异常主要见于双肾或右肾急性肾静脉主干大血栓时，偶尔可引起少尿性的急性肾衰竭。患侧肾增大，可通过影像学检查证实。而急性肾静脉血栓可以出现发热以及末梢血的白细胞增多。

慢性肾静脉血栓有时可引起肾小管的功能紊乱，出现肾性糖尿、肾小管酸中毒甚至范可尼综合征等。另外肾静脉血栓常可脱落造成肺栓塞，有时亚临床型肾静脉血栓是以此并发症为最早的临床表现。