慢性肠炎在临床上会表现为一种长期的慢性的，反复发作的腹痛、腹泻以及消化不良症状，严重的会出现粘液便或者水一样的粪便。

慢性肠炎病程一般在两个月以上，临床常见的有慢性细菌性痢疾、慢性阿米巴痢疾、血吸虫病、非特异性溃疡性结肠炎和局限性肠炎等。

腹泻程度轻重不一，轻者每日排便3～4次，或腹泻便秘交替出现；重者可每1～2小时一次，甚至出现大便失禁；部分患者可有夜间腹泻和（或）餐后腹泻。直肠严重受累时，可出现里急后重感，粪质多呈糊状，混有大量黏液，常带脓血。