扁平疣的根治方法，主要包括外用药物、口服药物、物理治疗等。

首先，如果扁平疣的数目比较多，在治疗的时候可以给予外用抗病毒药物，提高机体免疫力的药物。比如咪喹莫特霜、干扰素凝胶等，通过长期治疗，则有助于扁平疣的根治。

其次，也可考虑使用免疫调节的药物，比如转移因子、左旋咪唑等药物，能刺激机体的细胞免疫，以清除体表的人乳头瘤病毒数量，能达到临床根治的作用。

最后，如果扁平疣的数目并不多，则可以到医院的皮肤科，通过物理治疗，比如液氮冷冻、激光等措施，将皮肤表面的扁平疣完全清除干净，可以达到根治作用。