生殖器疱疹，在初期的时候可能没有明显的皮疹，只是生殖器部位的皮肤有轻微的瘙痒感；或者是轻微的灼烧感，又或者是轻微的疼痛感。但是可以迅速的发展，一天的时间可能就可以长出水泡。

在男性患者可以发生在龟头或包皮或者是阴茎上，阴囊部位或者是肛门部位的皮肤也有可能会出现，在女性患者主要是见于大阴唇或者是肛门部位。

另外，也有一部分患者是先局部皮肤出现小水泡，之后再出现轻微的瘙痒，这种小水泡通常是针尖到小米粒大小，密密麻麻的，生殖器疱疹，有时可能会有乏力和局部的疼痛等不适，因人而异，具有个体差异性。