小儿埃可及柯萨奇病毒感染后会有很多的后遗症，根据小儿的症状来决定，小儿会出现发热、恶心、呕吐、头痛等脑膜炎的一些症状。

有的小儿还会出现呼吸系统和消化系统的一些症状，比如出现咽喉痛、腹痛、腹泻等等。严重的还会引起心肌的变化，可出现心肌炎、心肌损伤等等。

可通过化验血液和做脑脊液检查，来明确是否是病毒感染，然后进行积极的治疗。治疗可采用抗病毒治疗和对症治疗为主，可以使用利巴韦林。当小儿颅内压高的时候还可用甘露醇来降压，抽搐的时候要采取镇静、吸氧等来缓解小儿脑的损伤。