乳腺囊肿一般是不会影响到乳腺发育的。女性乳腺发育是由体内多种激素作用的结果，主要影响激素有雌激素、孕激素、催乳素等，而乳腺囊肿的出现很多也是跟激素有关。

当雌激素水平异常增高或者内分泌系统紊乱时，就有可能出现单纯性的乳腺囊肿。因此乳腺囊肿的发生跟乳腺发育没有必然的联系。并且乳腺囊肿发病多在中年以后，体积也通常不会太大，不足以导致乳腺发育不良的情况。

只有当乳腺囊肿生长的速度比较快或者体积比较大，有可能压迫正常的乳腺组织。长时间的不处理就有可能影响到乳腺的发育，此时需要积极的手术治疗。