甲状腺囊肿和甲状腺腺瘤，主要的区别包括以下几方面：

第一种区别，原因不同，一般囊肿多数是由于缺碘引起的。而甲状腺腺瘤主要是由于甲状腺细胞异常增生发生瘤样改变。

第二种区别，主要在于质地不同，甲状腺囊肿一般触摸比较柔软，触之有囊性感。而甲状腺瘤质地比较硬，一般是实性的一些肿瘤。

第三种区别，主要是在于病理的一些改变，囊肿多数是良性病变，而且很少发生这些细胞变异的增生等一些情况。而甲状腺腺瘤有一部分已经会出现一些癌前病变，甚至已经发生了甲状腺癌的可能性。

以上这些就是这两类疾病的主要区别点。