人感染尼帕病毒的潜伏期时间，大约是1~3周。

在病情发作早期，可能有头痛、发热、肌肉酸痛等症状。如果病情没有得到及时治疗，病情逐渐加重，可能会出现反应力减弱、精神萎靡、嗜睡等表现。少部分病人可能会在24~48小时左右，进展为昏迷状态，部分长时间昏迷的病患，可能会出现永久性的脑损害，甚至可能出现生命危险。

这种病毒会引起血管内皮细胞受到严重损害，出现肺水肿、脑脊膜炎、胎盘感染、肾小球萎缩等病情，需要及时进行诊治。