新生儿巨细胞病毒感染分为先天性感染，也就是宫内感染，以及出生时或者出生后的感染。如果母亲在孕期初次感染或者母亲孕期免疫力下降，导致潜伏感染重新激活，以及出现不同抗原的巨细胞病毒感染时，病毒可以通过胎盘感染胎儿，称为先天性感染。新生儿出生时经产道吸入含有巨细胞病毒的分泌物，为出生时感染。

出生后不久，接触母亲含有巨细胞病毒的唾液、尿液，摄入带有病毒的母乳，输血引起的感染，称为出生后感染。其中摄入带病毒的母乳是生后感染的重要途径。