怀孕初期肚子一阵一阵疼，可能是以下因素引起：

1.可能是生理性腹痛。由于胚胎和子宫的增大，加上孕妇体内激素的作用，会导致孕妇出现肚子疼痛的症状，但一般疼痛轻微，且在休息后能够有效缓解。

2.怀孕初期肚子疼，还可能是肠胃疾病导致。例如胃肠炎、急性胃炎等，往往是由于饮食不当引起，应当及时到医院进行对症治疗。

3.如果患者出现腹痛、阴道少量出血、腹部下腹坠胀等症状，则可能是先兆流产或宫外孕导致。患者应当及时停止活动，到医院进行检查和治疗，以免导致流产。