任何手术都有可能发生后遗症，三叉神经痛微创手术发生后遗症几率非常低。常用手术有微血管减压术，是三叉神经痛唯一治本的方法，也是唯一以保护三叉神经功能为目标的手术方式。长期疗效最好，因此微血管减压术常作为外科首选治疗方案。

而射频热凝手术最常见的手术并发症包括面部感觉减退、或者存在听力减退。随着疼痛医学的微创技术的提高，在大的医疗机构中，这些并发症的发生率已较以前明显降低。并且除了听力障碍发生率仅1%较难恢复外，大多数脑神经损伤的症状轻微，多可逐渐恢复。

还有一些严重的并发症，如小脑脑干出血、梗死、死亡等，也是十分少见。