肛门有囊肿，要根据其囊肿的大小以及相关的症状，可药物治疗，必要时可以行手术治疗。

肛门囊肿属于囊性的包块，起初发病期囊肿比较小，不会有不适感，不需要任何治疗，定期观察即可。平时不要触碰到囊肿，不要进食辛辣的食物。

如果合并感染时会引起红肿、疼痛。如果症状不严重，没有脓液形成，可以应用药物治疗。要用消毒水局部消毒，局部再涂抹一些消炎的药膏，比如莫匹罗星软膏、红霉素软膏等，结合口服抗生素控制炎症治疗。

对于囊肿比较大，感染较严重的，形成了脓液，需要切开排脓，再加强局部的消毒和换药以及抗感染对症治疗。