导致耳根痛的原因有很多，常见的有以下几种：

1.局部组织感染。一般是皮肤或皮下炎症感染导致，皮肤可能也会有明显的发红、红肿等症状。

2.外耳道炎、中耳炎，尤其是急性化脓性中耳炎和分泌性中耳炎，疼痛主要在中耳部，有时候会放射到耳根部位。

3.神经痛。比较常见的就是三叉神经痛，会导致一侧面部疼痛，并且也会牵涉耳根疼痛。

4.腮腺炎。一般是病毒感染引起，也有可能是细菌感染导致，会导致耳根部位以及腮帮子部位疼痛。