贲门失弛缓症的后遗症包括消化不良、胃肠蠕动减慢等，手术治疗后还有可能发生食管粘膜破裂、裂孔疝和胃食管反流等并发后遗症。贲门失弛缓症及其并发后遗症，严重影响患者的生活质量。

目前仅通过药物治疗缓解症状不明显，可行贲门球囊扩张术治疗，为防止增加扩张的并发症机会，扩张次数不应过多。经口内镜下食管括约肌切开术POEM成功率较高。

术后会出现轻微的反流性食管炎，偶有严重的反流相关性食管狭窄后遗症的出现，术中要注意预防。