儿童喉咙有疱疹，多考虑可能为以下两方面的原因：

1.可能为手足口病引起。该病通常为肠道病毒感染所致，病毒主要从患儿的咽喉部位侵入，导致患儿的喉咙部位出现疱疹，而且手脚等部位也会出现明显的疱疹，严重影响孩子正常进食，应积极进行抗病毒治疗。

2.可能为疱疹性咽峡炎所致。该病是感染柯萨奇病毒所引起，当病原体侵入机体后，容易在上呼吸道黏膜部位生长、繁殖，致使喉咙、口腔产生炎症反应，进而造成喉咙以及口腔部位出现疱疹，部分患儿可伴有流口水、厌食、腹痛以及高热等表现，可应用清热解毒的药物予以治疗。