成熟性的畸胎瘤患者应选择手术治疗。单侧肿瘤应采取肿瘤剥除术，保留患侧卵巢的正常组织，如果肿瘤较大，正常卵巢组织较少，无保留意义，可行患侧附件切除术；双侧肿瘤争取行卵巢肿瘤剔除术；围绝经期或者绝经后妇女可考虑行全子宫双附件切除术。手术方式可选择腹腔镜或者开腹。

对于未成熟畸胎瘤，手术治疗应尽量行完整的分期手术。术中全面探查盆腔、切除大网膜及腹膜和淋巴结活检，了解肿瘤浸润的范围和各器官组织受累的程度。对于年轻、有生育要求的未成熟畸胎瘤患者，可以考虑实施保留生育功能的手术。复发的卵巢生殖细胞肿瘤仍主张积极手术。