刚做完肛瘘手术，大概需要两周的时间休养才可以恢复。

如果是低位肛瘘做手术治疗时间较短，比较简单只要做完手术后，注意肛门的清洁干燥，饮食清淡，多吃新鲜的蔬菜、水果，保持大便顺畅，避免吃辛辣食物，避免长时间坐着或者站着，大多都很快恢复的。

如果对于较为严重复杂的肛瘘治疗时间，如肛瘘还合并有其它的疾病，如克罗恩病、结核感染，需要做抗炎、引流、手术治疗。恢复时间是较长的，可能需要一个月。