造成胆道梗阻的原因有很多，最常见的是胆结石。而胆结石形成的病因与细菌和病毒的感染、先天性胆道异常、肥胖、喜食油腻、静坐少动等因素有关，因此临床上大多数的胆结石是可以治愈的。

但是有些胆结石的病因是自身免疫性或代谢性的疾病，这种情况下即使进行手术取石，胆结石复发的概率仍然很高。造成胆道梗阻的原因还包括慢性的胆道炎症，它会导致胆管壁的疤痕性增生，通过积极治疗后也可痊愈。

部分胆道梗阻是由恶性肿瘤压迫引起的，胆道区域肿瘤的恶性程度相对较高，治疗也较为困难。